La proteomica funzionale è volta allo studio delle proteine differenzialmente espresse tra stati fisiologici diversi. Ad esempio è possibile studiare la differenza quantitativa, tra il profilo proteico di sieri di pazienti affetti da tumore rispetto ad individui di controllo.

Segnaliamo un interessante review che approfondisce i concetti basilari della proteomica funzionale, applicata in campo oncologico.

Web Link : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24664486

E’ sempre più importante integrare le scienze omiche al fine di acquisire una visione sistemica degli organismi  biologici. Ciò permette non solo di effettuare diagnosi, non ottenibili con gli approcci tradizionali, ma anche di studiare strategie terapeutiche efficaci.

Segnaliamo una review che descrive e sviscera l’importanza di detta integrazione:

Web Link:  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Segnaliamo un interessante lavoro scientifico che collega lo studio delle proteine e della loro quantità con il livello di stress ossidativo di organismi animali.

Web Link :  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22991338

Stiamo assistendo, recentemente, ad un aumento di interesse della comunità scientifica nella ricerca di nuovi marcatori proteici/peptidici che consentano di diagnosticare differenti patologie degenerative in tempo utile affinché possano essere curate. Segnaliamo pertanto il seguente articolo che potrà essere di supporto a quanti desiderino approfondire le linee guida utili per la ricerca e validazione di nuovi marcatori molecolari, proteici e peptidici, mediante tecniche di spettrometria di massa.

Articolo:

Parker CE, Borchers CH. Mass spectrometry based biomarker discovery, verification, and validation – Quality assurance and control of protein biomarker assays. Mol Oncol. 2014 Mar 20. pii: S1574-7891(14)00054-4.D

Web Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24713096

Il servizio di proteomica di ISB e’ ha consentito a diversi gruppi di ricerca di ottenere risultati che sono stati ritenuti validi ai fini di produrre le seguenti pubblicazioni scientifiche:

1. Cirulli C1, Coccetti P, Alberghina L, Tripodi F. A surface-activated chemical ionization approach allows quantitative phosphorylation analysis of the cyclin-dependent kinase inhibitor Sic1 phosphorylated on Ser201. Rapid Commun Mass Spectrom. 2012 Jul 15;26(13):1527-32
2. Finiguerra A1, Spadafora A, Filadoro D, Mazzuca S. Surface-activated chemical ionization time-of-flight mass spectrometry and labeling-free approach: two powerful tools for the analysis of complex plant functional proteome profiles. Rapid Commun Mass Spectrom. 2010 Apr 30;24(8):1155-60.
3. Cristoni S, Zingaro L, Canton C, Cremonesi P, Castiglioni B, Morandi S, Brasca M, Luzzana M, Battaglia C. Surface-activated chemical ionization and cation exchange chromatography for the analysis of enterotoxin A. J Mass Spectrom. 2009 Oct;44(10):1482-8.
4. Cristoni S, Rubini S, Bernardi LR. Development and applications of surface-activated chemical ionization. Mass Spectrom Rev. 2007 Sep-Oct;26(5):645-56.

Il laboratorio di analisi biochimiche ISB offre il Servizio di Spettrometria di Massa (MS) che si basa sull’utilizzo di varie apparecchiature di marcatori di patologie (Q TOF, ION, TRAP, ORBITPAP, MALDI, ecc).  Con questi spettrometri si possono anche condurre analisi di ricerca.

Le tariffe per il servizio sono da definire con il cliente in funzione del tipo specifico di analisi richiesta.

Le attività richiedono un apporto di tempo uomo del personale strutturato sia per una serie di analisi strumentali che per l’interpretazione e l’elaborazione dei dati.

In questi casi ai costi dell’analisi si aggiungono quelli di tempo uomo.

Strumentazione

Presso il laboratorio di analisi chimica di proteine di ISB è operativo uno spettrometro di massa HCT (Ion Trap Bruker), che dispone di sorgenti ESI, APCI e SACI. Questa configurazione dello strumento permette di determinare la sequenza amminoacidica di peptidi mediante misure di frammentazioni ioniche.

Le altre tecnologie utili ai fini dell’analisi quali-quantitativa delle proteine, sono rese disponibili ad ISB tramite collaborazioni con enti di ricerca riconosciuti a livello nazionale: università, ospedali, ecc.

L’ampio ventaglio di collaborazioni scientifiche instaurate da ISB consente di ottenere l’accesso ad un variegato parco di strumentazioni (MALDI, LC-MS, GC-MS, MALDI-IMAGING).

Ciò consente di fornire al cliente un servizio completo e variegato.

Tipi di analisi

1) Determinazione della massa accurata di peptidi.

2) Liquido cromatografia di miscele di proteine e peptidi e misura on-line della loro massa (LC-MS).

3) Identificazione di proteine separate mediante l’ausilio delle tecniche SDS-PAGE od Elettroforesi bidimensionale

4) Determinazione della sequenza dei peptidi tramite la tecnologia MS/MS.

Il Servizio è offerto a laboratori sia pubblici che privati. Prima di inviare i campioni è opportuno contattare gli operatori del Servizio per discutere il tipo di analisi richiesta. Nel caso di bande da gel, è importante includere un’immagine del gel, evidenziando la zona del gel ritagliata. Le bande possono essere inviate al Servizio mettendole con un po’ d’acqua ACETONITRILE (50:50) in una provetta da 1 ml. Se la consegna del campione richiede qualche giorno, è opportuno conservare la banda sospesa in acqua a -20°C ed inviarla in ghiaccio secco.

Costi del servizio

Si prega di contattare l’amministrazioni di ISB per ottenere i dettagli inerenti al costo del servizio.

Invio del campione

Prima di inviare il campione è consigliabile discutere telefonicamente  o mediante e-mail con lo staff preposto al’esecuzione del servizio.