ISBiotechnology – BLOG

AMCO – La nuova frontiera per la ricerca di biomarcatori

Introduzione

In questi anni abbiamo assistito ad una crescita esponenziale delle tecnologie di spettrometria di massa applicate alla ricerca di biomarcatori che possano essere utili per la diagnosi di patologie. Se da un lato la spettrometria di massa è stata molto utilizzata grazie alle sue notevoli potenzialità, in termini di sensibilità e seletività, dall’altro la mole di dati prodotta è tale da richiedere l’utilizzo di metodiche bioinformatiche notevolmente avanzate. Spesso, quindi ci si trova a dover elaborare i dati con piattaforme simili a quelle utilizzate nel settore genomico (e.g: Microarray). Manca tuttavia un servizio integrato che consenta di unire efficacemente la parte di acquisizione e gestione ed elaborazione dei dati.

Servizio di Biomarker Discovery AMCO

L’innovativa piattaforma AMCO è consente ad ISB di eseguire un servizio unico grazie alla possibilità di unire piattaforme tecnologiche avanzate, basate su tecniche di spettrometria di massa con un sistema elaborativo on-line basato su tecnologia cloud.

Technologie di spettrometria di massa ad alta risoluzione ed accuratezza (QTOF, ORBITRAP).

La ricerca di biomarcatori molecolari, metabolici o proteici, richiede l’ausilio di tecnologie avanzate di spettrometria di massa. Queste ultime devono possedere sia una risoluzione che un accuratezza elevata nella misurazione dei rapporti massa/carica (m/z) dei molecole potenziali biomarcatori. Più elevata è la qualità della misura maggiore sarà la possibilità di rilevare i potenziali biomarcatori di interesse. Per raggiungere detto ambizioso obbiettivo ISB si avvale di una rete di laboratori che possiedono le seguenti tecnologie:

1)  LC-ORBITRAP-MS

2)  FTICR-MS

3)  LC-QTOF-MS

4)  MALDI-TOF-MS

5)  GC-MS

Piattaforma elaborativa cloud

Una volta prodotti i dati di spettrometria di massa essi sono condivisi  con gli utenti mediante l’ausilio di una piattaforma cloud. Quest’ultimo possiede un interfaccia Desktop, accessibile mediante il protocollo di rete Remote Data Protocol (RDP) da diversi dispositivi fissi e mobili (Figura 1).

Figura 1: Schema della rete cloud utile al fine dell’elaborazione, condivisione e centralizzazione dei dati

L’utente accede al sistema cloud e si trova su di una piattaforma informatica ad elevata potenza di calcolo. Su quest’ultima vengono messi a disposizione i software necessari per eseguire in modo accurato tutte le operazioni relative alla visualizzazione ed analisi statistica dei dati. Detto sistema oltre a presentare il vantaggio di essere accessibile da qualsiasi terminale permette di fornire un servizio di assistenza ottimale. E’ infatti possibile chiedere l’assistenza di un operatore di ISB che, in remoto, può fornire risposte accurate ad eventuali problematiche. ISB fornisce anche un servizio aggiuntivo di training qualora il cliente sia interessato ad accrescere le sue competenze nell’utilizzo dei pacchetti software inclusi nella piattaforma.

Contatti

Per maggiori informazioni e chiarimenti si prega di contattare:

ISB srl

Tel: 02.80887134


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DIAGNOSI E CURA DELLE MALATTIE DEGENERATIVE

Oggi stiamo assistendo alla comparsa di nuove malattie degenerative davanti alle quali, spesso, la medicina convenzionale rimane paralizzata. Ciò è dovuto al fatto che non esistono protocolli terapeutici in grado di curarle.

Quando questo accade cosa si può fare?

Noi in ISB assieme alla Fondazione Emanuele di Palermo, abbiamo cercato di fornire una soluzione.

Abbiamo  costruito una nuova tecnologia denominata Analisi Metabolica Comparativa (AMCO), essa rileva la composizione molecolare del campione di urina del soggetto malato e la compara con quella di soggetti sani. Mediante detta comparazione è possibile localizzare il ciclo od i cicli metabolici alterati che hanno causato la patologia. Una volta trovati è possibile tentare di equilibrarli rivolgendosi agli specialisti più opportuni.

Se vuoi saperne di più, non dubitare di contattarci.

ISB – Ion Source & Biotechnologies srl

Tel. 02/96474437


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COME ASSUMERE GLI INTEGRATORI ALIMENTARI

Vogliamo prevenire le malattie degenerative??

Vogliamo imparare come prendere gli integratori??

Quando, come, quanto assumergli ed altre info ??

Abbiamo trovato un sito molto interessante :

http://www.lef.org/Protocols

Qui troverete diverse indicazioni sul tipo di integratori di assumere in funzione della patologia, che NON è una cosa da poco. Considerate che prima di poter dare queste informazioni, chi compila il sito dichiara di avere fatto un’ampia ricerca bibliografica.

In fondo a tale pagina, troverete l’opzione per selezione della lingua.

Spero che questa informazione sia di aiuto.

Pubblicato il 03/03/2015


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STUDI DI PROTEOMICA FUNZIONALE

La proteomica funzionale è volta allo studio delle proteine differenzialmente espresse tra stati fisiologici diversi. Ad esempio è possibile studiare la differenza quantitativa, tra il profilo proteico di sieri di pazienti affetti da tumore rispetto ad individui di controllo.

Segnaliamo un interessante review che approfondisce i concetti basilari della proteomica funzionale, applicata in campo oncologico.

Web Link : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24664486


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SCIENZE OMICHE INTEGRATE E MEDICINA MODERNA

E’ sempre più importante integrare le scienze omiche al fine di acquisire una visione sistemica degli organismi  biologici. Ciò permette non solo di effettuare diagnosi, non ottenibili con gli approcci tradizionali, ma anche di studiare strategie terapeutiche efficaci.

Segnaliamo una review che descrive e sviscera l’importanza di detta integrazione:

Web Link:  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed


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PROTEOMICA E STRESS OSSIDATIVO

Segnaliamo un interessante lavoro scientifico che collega lo studio delle proteine e della loro quantità con il livello di stress ossidativo di organismi animali.

Web Link :  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22991338


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LINEE GUIDA VOLTE ALLA RICERCA E VALIDAZIONE DI NUOVI MARCATORI PREDITTIVI DI PATOLOGIE DEGENERATIVE

Stiamo assistendo, recentemente, ad un aumento di interesse della comunità scientifica nella ricerca di nuovi marcatori proteici/peptidici che consentano di diagnosticare differenti patologie degenerative in tempo utile affinché possano essere curate. Segnaliamo pertanto il seguente articolo che potrà essere di supporto a quanti desiderino approfondire le linee guida utili per la ricerca e validazione di nuovi marcatori molecolari, proteici e peptidici, mediante tecniche di spettrometria di massa.

Articolo:

Parker CE, Borchers CH. Mass spectrometry based biomarker discovery, verification, and validation – Quality assurance and control of protein biomarker assays. Mol Oncol. 2014 Mar 20. pii: S1574-7891(14)00054-4.D

Web Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24713096


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SERVIZIO DI PROTEOMICA – Aggiornamenti

Il servizio di proteomica di ISB e’ ha consentito a diversi gruppi di ricerca di ottenere risultati che sono stati ritenuti validi ai fini di produrre le seguenti pubblicazioni scientifiche:

  1. Cirulli C1, Coccetti P, Alberghina L, Tripodi F. A surface-activated chemical ionization approach allows quantitative phosphorylation analysis of the cyclin-dependent kinase inhibitor Sic1 phosphorylated on Ser201. Rapid Commun Mass Spectrom. 2012 Jul 15;26(13):1527-32
  2. Finiguerra A1, Spadafora A, Filadoro D, Mazzuca S. Surface-activated chemical ionization time-of-flight mass spectrometry and labeling-free approach: two powerful tools for the analysis of complex plant functional proteome profiles. Rapid Commun Mass Spectrom. 2010 Apr 30;24(8):1155-60.
  3. Cristoni S, Zingaro L, Canton C, Cremonesi P, Castiglioni B, Morandi S, Brasca M, Luzzana M, Battaglia C. Surface-activated chemical ionization and cation exchange chromatography for the analysis of enterotoxin A. J Mass Spectrom. 2009 Oct;44(10):1482-8.
  4. Cristoni S, Rubini S, Bernardi LR. Development and applications of surface-activated chemical ionization. Mass Spectrom Rev. 2007 Sep-Oct;26(5):645-56.

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LABORATORIO DI ANALISI BIOCHIMICHE : ANALISI DI PROTEINE ED APPARECHIATURE E COLLABORAZIONI DISPONIBILI

Il laboratorio di analisi biochimiche ISB offre il Servizio di Spettrometria di Massa (MS) che si basa sull’utilizzo di varie apparecchiature di marcatori di patologie (Q TOF, ION, TRAP, ORBITPAP, MALDI, ecc).  Con questi spettrometri si possono anche condurre analisi di ricerca.

Le tariffe per il servizio sono da definire con il cliente in funzione del tipo specifico di analisi richiesta.

Le attività richiedono un apporto di tempo uomo del personale strutturato sia per una serie di analisi strumentali che per l’interpretazione e l’elaborazione dei dati.

In questi casi ai costi dell’analisi si aggiungono quelli di tempo uomo.

Strumentazione

Presso il laboratorio di analisi chimica di proteine di ISB è operativo uno spettrometro di massa HCT (Ion Trap Bruker), che dispone di sorgenti ESI, APCI e SACI. Questa configurazione dello strumento permette di determinare la sequenza amminoacidica di peptidi mediante misure di frammentazioni ioniche.

Le altre tecnologie utili ai fini dell’analisi quali-quantitativa delle proteine, sono rese disponibili ad ISB tramite collaborazioni con enti di ricerca riconosciuti a livello nazionale: università, ospedali, ecc.

L’ampio ventaglio di collaborazioni scientifiche instaurate da ISB consente di ottenere l’accesso ad un variegato parco di strumentazioni (MALDI, LC-MS, GC-MS, MALDI-IMAGING).

Ciò consente di fornire al cliente un servizio completo e variegato.

Tipi di analisi

1) Determinazione della massa accurata di peptidi.

2) Liquido cromatografia di miscele di proteine e peptidi e misura on-line della loro massa (LC-MS).

3) Identificazione di proteine separate mediante l’ausilio delle tecniche SDS-PAGE od Elettroforesi bidimensionale

4) Determinazione della sequenza dei peptidi tramite la tecnologia MS/MS.

Il Servizio è offerto a laboratori sia pubblici che privati. Prima di inviare i campioni è opportuno contattare gli operatori del Servizio per discutere il tipo di analisi richiesta. Nel caso di bande da gel, è importante includere un’immagine del gel, evidenziando la zona del gel ritagliata. Le bande possono essere inviate al Servizio mettendole con un po’ d’acqua ACETONITRILE (50:50) in una provetta da 1 ml. Se la consegna del campione richiede qualche giorno, è opportuno conservare la banda sospesa in acqua a -20°C ed inviarla in ghiaccio secco.

Costi del servizio

Si prega di contattare l’amministrazioni di ISB per ottenere i dettagli inerenti al costo del servizio.

Invio del campione

Prima di inviare il campione è consigliabile discutere telefonicamente  o mediante e-mail con lo staff preposto al’esecuzione del servizio.


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TIPOLOGIE DI ANALISI DI PROTEINE

L’ analisi di proteine eseguita mediate tecniche di spettrometria di massa può avere i seguenti scopi:

1. Identificazione/classificazione della proteina mediante lo studio della sequenza aminoacidica.

2. Caratterizzazione delle modifiche/modificazioni  post-traslazionali (glicazioni, glicosilazioni,  fosforilazioni, nitrazioni, ecc).

3. Studi di differenza di espressione proteica in linee di campioni diversi.

Le formule proteiche sono infatti espresse in termini di sequenze aminoacidiche (caso 1) che possono essere o meno modificate da gruppi funzionali (caso 2).

Esistono inoltre situazioni in cui è utile valutare il livello di espressione di una proteina o di un gruppo di proteine (caso 3). Questo accade, ad esempio, quando si cerca un marcatore funzionale di una patologia o di un qualsiasi stato fisiologico che si desidera studiare.


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